Organisasi SMK Muhammadiyah 1 Muntilan disusun untuk mendukung terselenggaranya pendidikan yang efektif, terarah, dan sesuai dengan visi sekolah. Struktur organisasi ini melibatkan unsur pimpinan, pendidik, tenaga kependidikan, serta unsur pendukung kegiatan siswa.
Pimpinan sekolah dipimpin oleh Kepala Sekolah yang bertanggung jawab atas seluruh penyelenggaraan pendidikan, manajemen sekolah, pengambilan kebijakan, serta hubungan dengan pihak eksternal seperti persyarikatan Muhammadiyah, pemerintah, dan dunia industri.
Kepala Sekolah dibantu oleh Wakil Kepala Sekolah yang membidangi beberapa bidang utama. Wakil Kepala Sekolah Bidang Kurikulum bertugas mengelola kegiatan pembelajaran, jadwal pelajaran, evaluasi akademik, serta pengembangan kurikulum. Wakil Kepala Sekolah Bidang Kesiswaan mengelola kegiatan siswa, disiplin, pembinaan karakter, organisasi siswa, dan ekstrakurikuler. Wakil Kepala Sekolah Bidang Sarana dan Prasarana mengelola fasilitas sekolah, ruang belajar, laboratorium, bengkel praktik, dan lingkungan sekolah. Wakil Kepala Sekolah Bidang Hubungan Industri dan Humas bertanggung jawab atas kerja sama dengan dunia usaha dan dunia industri, pelaksanaan PKL, magang, serta hubungan dengan masyarakat.
Guru merupakan unsur utama dalam organisasi sekolah yang bertugas melaksanakan pembelajaran, membimbing siswa, menilai hasil belajar, serta membina karakter dan keterampilan peserta didik sesuai bidang keahlian masing-masing.
Wali kelas berperan sebagai pembina langsung siswa di setiap kelas. Wali kelas bertanggung jawab memantau perkembangan akademik, kedisiplinan, dan perilaku siswa serta menjadi penghubung antara sekolah, siswa, dan orang tua.
Tenaga kependidikan meliputi staf tata usaha, petugas administrasi, pustakawan, laboran, dan teknisi. Mereka bertugas mendukung kelancaran administrasi, pengelolaan data, layanan akademik, dan operasional sekolah sehari-hari.
Organisasi kesiswaan dipimpin oleh OSIS yang menjadi wadah pengembangan kepemimpinan siswa. OSIS mengelola kegiatan siswa, organisasi, lomba, peringatan hari besar, dan kegiatan sosial. OSIS dibina langsung oleh guru pembina.
Ekstrakurikuler seperti Pramuka, Tapak Suci, Hizbul Wathan, PMR, Paskibra, Rohis, dan kegiatan minat bakat lainnya berada dalam struktur pembinaan sekolah untuk mendukung pengembangan karakter, bakat, dan keterampilan non-akademik siswa.
Seluruh unsur organisasi SMK Muhammadiyah 1 Muntilan bekerja secara terpadu dengan semangat kebersamaan, disiplin, dan nilai keislaman agar tujuan pendidikan sekolah dapat tercapai secara optimal.